مقالات علمی چاپ شده در مجلات

1. "Dynamics of transcription regulatory network during mice-derived retina organoid development"
   Rasoul Godini, Hossein Falahi
   GENE, 2022
2. "The regulatory landscape of neurite development in Caenorhabditis elegans"
   Rasoul Godini, Hossein Falahi, Roger Pocock
   Frontiers in Molecular Neuroscience, pp.1-22, 2022
3. "Dissecting the molecular responses of lentil to individual and combined drought and heat stresses by comparative transcriptomic analysis"
   Seyedeh Zahra Hosseini, Ahmad Ismaili, Farhad Nazarian Firouzabadi, Hossein Falahi, Abdolhossein Rezaeinejad, Seyed Sajad Sohrabi
   GENOMICS, pp.1-31, 2021
4. "Identification and profiling of conserved microRNAs in different developmental stages of crown imperial (Fritillaria imperialis L.) using high-throughput sequencing"
   Fereshteh Ahmadi-Teshniz, Behrouz Shiran, Sadegh Mousavi-Fard, Hossein Falahi, Bojana Banovi? ?eri
   MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, pp.1-12, 2021
5. "Identification of key genes and molecular mechanisms associated with temperature stress in lentil"
   Seyed Sajad Sohrabi, Ahmad Ismaili, Farhad Nazarian Firouzabadi, Hossein Falahi, Seyedeh Zahra Hosseini
   GENE, 2021
6. "Survival prognostic factors in patients with acute myeloid leukemia using machine learning techniques"
   Keyvan Karami, Mahboubeh Akbari, Mohammad-Taher Moradi, Bijan Soleymani, Hossein Falahi
   PLoS One, 2021
7. "Detection of an Insertion in the ATXN3 Gene in CML Cases Using Exome Sequencing"
   HAIDER YABR LAFTA, Hossein Falahi, Kheirollah Yari
   Middle East Journal of Cancer, pp.135-138, 2021
8. "Effect of symbiosis with arbuscular mycorrhizal fungi on salt stress tolerance in GF677 (peach×almond) rootstock"
   Roohollah Shahvali, Behrouz Shiran, Rudabeh Ravash, Hossein Falahi, Bojana Banovic Deri
   SCIENTIA HORTICULTURAE, pp.109535-109546, 2020
9. "The clinical significance of circulating DSCAM-AS1 in patients with ER-positive breast cancer and construction of its competitive endogenous RNA network"
   Mohammad-Taher Moradi, Hossein Falahi, Zohreh Rahimi
   MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, pp.7685-7697, 2020
10. "Caenorhabditis elegans hub genes that respond to amyloid beta are homologs of genes involved in human Alzheimer's disease"
    Rasoul Godini, Roger Pocock, Hossein Falahi
    PLoS One, 2019
11. "Genome imprinting in stem cells: A mini-review"
    Rasoul Godini, Keyvan Karami, Hossein Falahi
    GENE EXPRESSION PATTERNS, 2019
12. "Regulatory networks upon neurogenesis induction in PC12 cell line by small molecules"
    NAFISEH FALSAFI, Tahere Soleimani, Hossein Falahi, Mehri Azadbakht
    JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY, pp.1-12, 2019
13. "Investigating the Effect of Ibuprofen on DLL1 and NOTCH1 Expression in Gastric Cancer Stem Cells Derived from MKN-45 Cell Line"
    Mohsen Farhangian, Frozan Azarafroz, Hossein Falahi, Hasan Akrami
    Middle East Journal of Cancer, pp.292-298, 2019
14. "System-Level Responses to Cisplatin in Pro-Apoptotic Stages of Breast Cancer MCF-7 Cell Line"
    Hossein Falahi, Rasoul Godini
    COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY, 2019
15. "Attribute selection and model evaluation for the maternal and paternal imprinted genes in bovine ( Bos Taurus) using supervised machine learning algorithms"
    Keyvan Karami, Saeed Zerehdaran, Ali Javadmanesh, Mohammad Mahdi Shariati, Hossein Falahi
    JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, pp.1-12, 2019
16. "Characterization of bovine (Bos taurus) imprinted genes from genomic to amino acid attributes by data mining approaches"
    Keyvan Karami, Saeed Zerehdaran, Ali Javadmanesh, Mohammad Mahdi Shariati, Hossein Falahi
    PLoS One, 2019
17. "A brief overview of the concepts, methods and computational tools used in phylogenetic tree construction and gene prediction"
    Rasoul Godini, Hossein Falahi
    Meta Gene, 2019
18. "Shortening the list of essential genes in the human genome by network analysis"
    Rasoul Godini, Hossein Falahi
    Meta Gene, pp.1-27, 2018
19. "Interaction of long noncoding RNA MEG3 with miRNAs A reciprocal regulation"
    Mohammad-Taher Moradi, Hossein Falahi, Zohreh Rahimi
    JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY, pp.1-14, 2018
20. "Epigenetic modifications in the embryonic and induced pluripotent stem cells"
    Rasoul Godini, HAIDER YABR LAFTA, Hossein Falahi
    GENE EXPRESSION PATTERNS, pp.1-9, 2018
21. "Network analysis of inflammatory responses to sepsis by neutrophils and peripheral blood mononuclear cells"
    Rasoul Godini, Hossein Falahi, Esmaeil Ebrahimie
    PLoS One, 2018
22. "A comparative system-level analysis of the neurodegenerative diseases"
    Rasoul Godini, Hossein Falahi, Esameil Ebrahimie
    JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY, pp.1-15, 2018
23. "Identification of genes involved in steroid alkaloid biosynthesis in Fritillaria imperialis via de novo transcriptomics"
    Mahsa Eshaghi, Behrouz Shiran, Hossein Falahi, Rudabeh Ravash, Bojana Banovi? ?eri
    GENOMICS, pp.1-13, 2018
24. "Dynamics changes in the transcription factors during early human embryonic development"
    Rasoul Godini, Hossein Falahi
    JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY, pp.1-14, 2018
25. "Dissection of Regulatory Elements During Direct Conversion of Somatic Cells Into Neuron"
    Tahere Soleimani, NAFISEH FALSAFI, Hossein Falahi
    JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY, pp.1-13, 2017
26. "Signaling and Gene Regulatory Networks Governing Definitive Endoderm Derivation from Pluripotent Stem Cells"
    عبدالشكور محمدنيا, معين يعقوبي, فرزانه پورعسگري, اريك نلي, Hossein Falahi, محمد معصومي
    JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY, pp.1-13, 2016
27. "Parallel consideration of SSRs and differentially expressed genes under abiotic stress for targeted development of functional markers in almond and related Prunus species"
    Arghavan Alisoltani, Shekoufeh Ebrahimi, Sahar Azarian, Mahsa Hematyar, Behrouz Shiran, Hassan Jahanbazi, Hossein Falahi, Sadegh Mousavi-Fard, Fariba Rafiei
    SCIENTIA HORTICULTURAE, pp.462-472, 2016
28. "In silico search and biological validation of microRNAs related to drought response in peach and almond"
    Fazileh Esmaeili, Behrouz Shiran, Hossein Falahi, Neda Mirakhorli, Hikmet Budak, Pedro Mart?nez-G?mez
    FUNCTIONAL and INTEGRATIVE GENOMICS, pp.1-13, 2016
29. "Dissection of the cis-2-decenoic acid signaling network in Pseudomonas aeruginosa using microarray technique"
    آزاده رحماني-بادي, شايسته سپهر, Hossein Falahi, سعيد حيدري كشل
    Frontiers in Microbiology, 2015
30. "Transcription factor regulatory network for early lung immune response to tuberculosis in mice"
    معين يعقوبي, عبدالشكور محمدنيا, Hossein Falahi
    Molecular Medicine Reports, 2015
31. "Predicting transcription factors in human alcoholic hepatitis from gene regulatory network"
    عبدالشكور محمدنيا, معين يعقوبي, Hossein Falahi
    European Review for Medical and Pharmacological Sciences, pp.2246-2253, 2015
32. "Inhibitory effect of ibuprofen on tumor survival and angiogenesis in gastric cancer cell"
    Hasan Akrami, سامان امين زاده, Hossein Falahi
    TUMOR BIOLOGY, 2015
33. "RNA-Seq SSRs and small RNA-Seq SSRs New approaches in cancer biomarker discovery"
    ارغوان علي سلطاني, Hossein Falahi, بهروز شيران, انوشه علي سلطاني, اسماعيل ابراهيمي
    GENE, pp.34-43, 2015
34. "Identification of differential expressed transcripts of almond (Prunus dulcis Sefied ) in response to water-deficit stress by cDNA-AFLP"
    مريم شيراني بيدآبادي, بهروز شيران, Hossein Falahi, فريبا رفيعي, فضيله اسماعيلي, اسماعيل ابراهيمي
    Journal of Forest Research, pp.403-410, 2015
35. "Differential expression of seven conserved microRNAs in response to abiotic stress and their regulatory network in Helianthus annuus"
    ريحانه ابراهيمي خاك سفيدي, شيرين ميرلوحي, فهيمه خلجي, زهرا فخاري, بهروز شيران, Hossein Falahi, فريبا رفيعي, حكمت بوداك, اسماعيل ابراهيمي
    Frontiers in Plant Science, 2015
36. "Predicting involvement of polycomb repressive complex 2 in direct conversion of mouse fibroblasts into induced neural stem cells"
    معين يعقوبي, عبدالشكور محمدنيا, Hossein Falahi
    Stem Cell Research and Therapy, 2015
37. "Gene regulatory network in almond (Prunus dulcis Mill.) in response to frost stress"
    ارغوان علي سلطاني, بهروز شيران, Hossein Falahi, اسماعيل ابراهيمي
    Tree Genetics and Genomes, 2015
38. "Prediction of Potential Cancer- Risk Regions Based on Transcriptome Data Towards a Comprehensive View"
    ارغوان علي سلطاني, Hossein Falahi, مهدي ابراهيمي, منصور ابراهيمي, اسماعيلي ابراهيمي
    PLoS One, 2014
39. "De Novo Transciptome Assembly and comparative Analysis of Differentially Expressed Genes in Ptunus dulcis Mill in Response to Freezing Stress"
    سيدصادق موسوي, ارغوان علي سلطاني, بهروز شيران, Hossein Falahi, اسماعيل ابراهيمي, علي ايماني, سعدالله هوشمند
    PLoS One, 2014
40. "A combination of cis-2-decenoic acid and antibiotics eradicates pre-established catheterb-associated biofilms"
    a r, sh s, h b, p m, m s, Hossein Falahi
    JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY, 2014
41. "Chlorophyll fluorescence screening of Arabidopsis thaliana for CO2 ensitive photorespiration and photoinhibition mutants"
    ماري بادجر, Hossein Falahi, سارا كينز, شونيچي تاكاهاشي
    FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY, 2009
42. "Localization of sucrose synthase in developing seed and siliques of Arabidopsis thaliana reveals diverse roles for SUS during development"
    Hossein Falahi, گراهام اسكوفيلد, ماري بادجر, واه سون چو, رابرت فوربانك, يونگ لينگك روان
    JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY, pp.3283-3295, 2008
43. "شناسایی miRNAهای پاسخ دهنده به تنش گرما در عدس و ژن های هدف آنها"
    سیده زهرا حسینی، احمد اسماعیلی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، حسین فلاحی، عبدالحسین رضایی نژاد
    پژوهش های سلولی و مولکولی، صفحات:1-10، 1400
44. "بررسی الگوی بیانPdu-miR171a و Pdu-miR168 ،Pdu-miR160 و ژنهای هدف آنها در اندامهای زایشی بادام در پاسخ به تنش سرما"
    مرضیه کریمی، بهروز شیران، محمد ربیعی، حسین فلاحی
    ژنتیک نوین، صفحات:161-173، 1399
45. "مطالعه تغییرات بیان Pdu-miR319a ، Pdu-miR398a و ژنهای هدف آنها در اندامهای زایشی بادام تحت تنش سرما"
    مرضیه کریمی، بهروز شیران، محمد ربیعی، حسین فلاحی
    بیوتکنولوژی کشاورزی، صفحات:93-114، 1399
46. "شناسایی و تعیین خصوصیات میکروRNA های حفاظت شده در عدس"
    سجاد سهرابی، احمد اسماعیلی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، حسین فلاحی
    پژوهش های سلولی و مولکولی، صفحات:606-616، 1398
47. "ارزیابی و مقایسه کمیت و کیفیت ترکیبات مواد موثره گیاه دارویی Zataria multiflora و دو گونه از جنس Thymus در شرایط یکنواخت محیطی"
    رویا مطلبی، سعدالله هوشمند، بهروز شیران، حسین فلاحی، رودابه راوش
    اکوفیتوشیمی گیاهان دارویی، صفحات:55-68، 1397
48. "بررسی بیان ژنهای کلیدی مسیر بیوسنتز لیمونن تحت تاثیر تنش خشکی در زرین گیاه ( Dracocephalum kotschyi) در دو مرحله رویشی و گلدهی"
    صغری کیانی، جعفر احمدی، بهروز شیران، صدیقه فابریکی اورنگ، حسین فلاحی
    بیوتکنولوژی کشاورزی، صفحات:1-18، 1397
49. "توسعه نشانگرهای ریزماهواره EST-SSR مرتبط با تحمل به تنش خشکی در عدس Lens culinaris"
    زهرا حسینی، احمد اسماعیلی، فرهاد نظریان فیروزآبادی ، حسین فلاحی، عبدالحسین رضایی نژاد
    زیست فناوری گیاهان زراعی، صفحات:41-55، 1396
50. "شناسایی نشانگرهای EST-SSR عدس (Lens culinaris) تحت تنش سرما"
    سجاد سهرابی، احمد اسماعیلی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، حسین فلاحی
    زیست فناوری گیاهان زراعی، صفحات:1-13، 1396
51. "مطالعه تظاهر وخصوصیات عملکردی ژن اسکوالن سنتاز در بافت های مختلف سه مرحله نموی لاله واژگون با استفاده از qPCR"
    مهسا اسحاقی، بهروز شیران، رودابه راوش، حسین فلاحی
    ژنتیک نوین، صفحات:423-429، 1396
52. "الگوی بیان ژنهای مرتبط با فرایند متابولیک ماکرو مولکولها تحت تنش سرما در بادام (Prunus dulcis Mill) از طریق تجزیه RNA-seq"
    ارغوان علی سلطانی، بهروز شیران، اسماعیل ابراهیمی، حسین فلاحی، صادق موسوی، علی ایمانی، سعدالله هوشمند
    ژنتیک نوین، صفحات:21-32، 1393
53. "بررسی الگوی بیان miR159 و 171 miR تحت تنش خشکی در هلو، بادام و GN"
    فضیله اسماعیلی، بهروز شیران، ندا میرآخورلی، حسین فلاحی
    ژنتیک نوین، صفحات:407-416، 1393
54. "تا ثیر تنش گرما بر تغییرات بیانی miR398 در گیاه آفتابگردان"
    ریحانه ابراهیمی، بهروز شیران، اسماعیل ابراهیمی، حسین فلاحی
    زیست فناوری گیاهان زراعی، 1391

مقالات علمی ارائه شده در همایش‌ها

1. "Dissection of gene expression profile of breast cancer cells treated with cisplatin in two glycolysis and impedance steps"
   Rasoul Godini, Hossein Falahi
   The 9th International Tehran Breast Cancer Congress (TBCC9),
2. "Dissecting MiRNAs Regulatory Network Involved Neurogenesis of PC12 Cells Induced by Staurosporine"
   Tahere Soleimani, Hossein Falahi, Mehri Azadbakht
   Royan-13th Congress on Stem Cell Biology and Technology,
3. "Investigating the effect of Ibuprofen on DLL1 gene expression in gastric cancer stem cells derived from MKN-45 cell line"
   Mohsen Farhangian, Hossein Falahi, Hasan Akrami
   3rd International 15th Iranian Genetics Congress,
4. "Finding Regulatory Elements in Direct Conversion of Fibroblast to Cardiomyocytes Using Chemical Cocktails"
   NAFISEH FALSAFI, Tahere Soleimani, Hossein Falahi
   The 12th Royan International Congress on Stem Cell Biology Technology,
5. "Detection of Blood cells Genes Involved in Responding Sepsis by Weighted Gene Co-expression Network Analysis"
   Rasoul Godini, Fatemeh Hadi, Hossein Falahi
   14th International Congress of Immunology and Allergy (ICIA2018),
6. "Anti-Angiogenic Activity of Ethanol Extracts of Ferulago Angulata Leaves"
   سميه ميرزااقايي, Hasan Akrami, K M, Hossein Falahi
   12th International Congress of Biochemistry,
7. "Differential Methylation Pattern in the Autophagy Related Genes Following Reprogramming of Fibroblast into iPS Cells via miR-29 Depletion"
   Mohsen Farhangian, Frozan Azarafroz, Hossein Falahi
   The 6th Conference on Bioinformatics,
8. "Identification of common TFs and microRNAs involved in direct conversion of PC12 cell line into neuronal0like cells by NGF or EGF induction"
   Tahere Soleimani, Hossein Falahi, Mehri Azadbakht
   2nd International Congress on Stem Cells and Regenerative Medicin,
9. "Differentation gene expression of Notch signaling pathway response to Ivermectin"
   Mohsen Farhangian, Hossein Falahi, Hasan Akrami
   The 7th Conference on Bioinformatics,
10. "فشار هیدروستاتیک موجب افزایش فعالیت ماتریکس متالوپروتئینازهای 2 و 9 در سلول های pc12 می شود"
    موسی کهتری، مهری آزادبخت، سید حمید مهدیونی، حسین فلاحی، مهدی امیری
    دهمین کنگره سراسری علوم تشریحی ایران،
11. "Application of free available microarray data in comparison analysis of gene expression in brain and pancreas tumors"
    عبدالشکور محمدنیا، معین یعقوبی، حسین فلاحی
    چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران،
12. "Using microarray data to construct network and its analysis for kidney transplantation rejection"
    سجاد اسماعیلی، معین یعقوبی، عبدالشکور محمدنیا، حسین فلاحی
    سومین همایش بین المللی دانشجویی بیوتکنولوژی-92،
13. "Differences between ESC and ntESC based on constructed gene regulatory network"
    بهره بر ایرج، عبدالشکور محمدنیا، معین یعقوبی، حسین فلاحی
    هیجدهمین کنگره ملی و ششمین کنگره بین المللی علوم زیست شناسی ایران،
14. "Prediction of central transcription factors in gene regulatory network during iPS differentiation to primary neurosphere in mouse"
    عبدالشکور محمدنیا، معین یعقوبی، حسین فلاحی، محمد معصومی
    دوازدهمین گردهمای سالیانه جامعه جهانی تحقیقات سلولهای بنیادی،
15. "بررسی شبکه MALATI به عنوان ژن کاهش بیان یافته در سرطان پستان و تخمدان"
    ارغوان علی سلطانی، ابراهیمی اسماعیل، حسین فلاحی، منصور ابراهیمی، انوشه علی سلطانی
    ششمین کنگره سراسری سرطان پستان،
16. "Isolation of Several Proteases and a-Amylase from Bacillus Subtilis ATCC1254"
    مهدی امیری، حسین فلاحی، سید حمید مهدیونی
    دوازدهمین کنگره ملی بیوشیمی و چهارمین کنفرانس بین المللی،
17. "مطالعه مقایسه ای قدرت اتصال گروهی از داروهای غیر استروئیدی با آنزیم های cox1 و cox2 با استفاده از روش های مدل سازی مولکولی و آنالیز داکینگ"
    ناصر کاکاوندی، مرتضی حیدری، حسین فلاحی، سید حمید مهدیونی
    چهاردهمین کنگره سراسری بیوشیمی ایران،
18. "Dissection of gene regulatory network involved in direct reprogramming of mouse fibroblast into neural stem cells"
    معین یعقوبی، عبدالشکور محمدنیا، حسین فلاحی، سیدمحمد معصومی
    وازدهمین گردهمای سالیانه جامعه جهانی تحقیقات سلولهای بنیادی،
19. "Effect of Phosphate limitattion on Saccharomyces cerevisiae gene expression patterrn and its expression netwok analysis"
    محمدشهیر محمدنیا، مهرداد عزیزیان، معین یعقوبی، عبدالشکور محمدنیا، حسین فلاحی
    سومین همایش بین المللی دانشجویی بیوتکنولوژی،
20. "Predicting central genes in protein-protein interaction network during mouse fibroblast to cardiomyocte conversion"
    عبدالشکور محمدنیا، معین یعقوبی، نیوشا خزاعی، حسین فلاحی
    اولین کنگره بین المللی و سیزدهمین کنگره ژنتیک ایران،